- Τμήμα Διοικητικής Μέριμνας & Πρωτοκόλλου
- Τμήμα Διοικητικού & Ειδικού Τεχνικού Προσωπικού (ΕΤΠ)
- Τμήμα Εκπαιδευτικού & Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού
- Τμήμα Σπουδών & Πρακτικής Άσκησης
- Τμήμα Συλλογικών & Ατομικών Οργάνων & Επιτροπών
- Γραφείο Πολιτικής Σχεδιάσεως Εκτάκτου Ανάγκης (ΠΣΕΑ)
- Τμήμα Δαπανών & Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (ΚΠΣ)
- Τμήμα Μισθοδοσίας & Αποζημειώσεων
- Τμήμα Προμηθειών & Περιουσίας
- Τμήμα Προϋπολογισμού
- Οικονομικά στοιχεία
Διεύθυνση Πληροφορικής και Βιβλιοθήκης
- Τμήμα Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων
- Τμήμα Διαχείρισης Πληροφοριακών Συστημάτων
- Τμήμα Υποστήριξης Εκπαιδευτικών Διαδικασιών
- Τμήμα Βιβλιοθήκης και Κέντρου Πληροφόρησης
Διεύθυνση ΜΟΔΥ
- Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης ΜΟΔΥ
- Τμήμα Λογιστικής και Οικονομικής Διαχείρισης ΜΟΔΥ
- Τμήμα Προγραμματισμού, Ανάπτυξης και Διαχείρισης Έργων
- Τμήμα Προγραμματισμού, Ανάπτυξης και Διαχείρισης έργων ΣΕΦΕ
Διεύθυνση Φοιτητικής Μέριμνας
- Τμήμα Φοιτητικών Παροχών
- Τμήμα Περίθαλψης και Κοινωνικής Μέριμνας
- Τμήμα Παιδικού Σταθμού
- Γραφείο Διαχείρισης Εστίας Ηρακλείου
- Γραφείο Διαχείρισης Εστίας και Φοιτητικών Παροχών (Σητεία)
- Γραφείο Διαχείρισης Φοιτητικών Παροχών Σχολής Εφ.Ε. (με έδρα τα Χανιά)
ΑΥΤΟΤΕΛΗ ΤΜΗΜΑΤΑ
- Γραμματεία Πρυτανείας
- Τμήμα Δημοσίων & Διεθνών Σχέσεων
- Βιβλιοθήκη & Εκδόσεων
- Τμήμα Ερευνητικών Προγραμμάτων - Ειδικός Λογαριασμός
- Γραφείο Εκδόσεων & Βιβλιοθήκης (Παράρτημα Χανίων)
- Γραφείο Συντήρησης (Παράρτημα Χανίων)
- Γραφείο Διασύνδεσης και Σταδιοδρομίας
- Γραφείο Νομικού Συμβούλου
- Γραφείο Συνηγόρου Φοιτητή
- Γραμματεία Σχολής
- Γραμματεία Τμήματος
