Στο μάθημα διδάσκονται οι εξής θεματικές ενότητες:
1.  Επισκόπησης των συστημάτων παραγωγής τροφίμων.
2.  Προβλήματα συμβατικής παραγωγής και η αναγκαιότητα για αειφόρο γεωργία
3.  Αρχές αγροοικολογίας και σχεδιασμός αειφόρων αγροοικοσυστημάτων.
4.  Διαχείριση αγροοικοσυστημάτων αειφορικής γεωργίας.  Διαχείριση θρεπτικών στοιχείων, βιοποικιλότητας και δυναμικής πληθυσμών.
5.  Ορισμοί, στόχοι και αρχές βιολογικής γεωργίας
6.  Δομή και δραστηριότητες διεθνών οργανώσεων και επιτροπών.  Προδιαγραφές και πιστοποίηση βιολογικής γεωργίας.
7.  Εθνική και κοινοτική νομοθεσία για την βιολογική γεωργία.
8.  Σύστημα ελέγχου και πιστοποίησης.  Οργάνωση και λειτουργία φορέων ελέγχου και πιστοποίησης.  Διαδικασία ελέγχου και πιστοποίησης προϊόντων βιολογικής γεωργίας.
10.  Γονιμότητα εδάφους στην βιολογική γεωργία.
11.  Αμειψισπορές, διαχείριση θρεπτικών στοιχείων και εδαφοκάλυψη στην βιολογική γεωργία.
12. Φυτοπροστασία εντόμων, ασθενειών και ζιζανίων στην βιολογική γεωργία.  Φυτοπροστατευτικές ουσίες στην βιολογική γεωργία.
13.  Εφαρμογή της βιολογικής γεωργίας στην καλλιέργεια της ελιάς, των εσπεριδοειδών, των ακρόδρυων, των πυρηνόκαρπων,, της αμπέλου, των λαχανικών, και των φυτών μεγάλης καλλιέργειας.
14.  Περιβαλλοντικές επιπτώσεις βιολογικής γεωργίας.
15.  Οικονομική διαχείριση βιοκαλλιεργειών.  Η αγορά των βιολογικών προϊόντων.  Συσκευασία, προβολή και προώθηση προϊόντων βιολογικής γεωργίας.
16.  Επεξεργασία βιολογικών προϊόντων.
17.  Ποιοτικά χαρακτηριστικά προϊόντων βιολογικής γεωργίας
 
Το μάθημα έχει σκοπό την κατάρτιση των σπουδαστών σε θέματα:
Εφαρμοσμένης αγροικολογίας
Αειφόρου διαχείρισης μεσογειακών αγροοικοσσυτήματων σύμφωνα με τις αρχές τις βιολογικής γεωργίας
Επισκόπησης των συστημάτων βιολογικής παραγωγής τροφίμων
Εθνικής και κοινοτικής νομοθεσία για την βιολογική γεωργία
Προτυποποίηση λειτουργίας συστήματος ελέγχου και πιστοποίησης
Ορθής γεωργικής πρακτικής εφαρμογής των μεθόδων της βιολογικής γεωργίας
 
Η διδασκαλία του μαθήματος γίνεται με προβολή διαφανειών, εικόνων και ταινιών με τη χρήση βιντεοπροβολέα.. Επίσης κατά την διδασκαλία γίνεται χρήση μελετών περιπτώσεων
Οι σπουδαστές αξιολογούνται και βαθμολογούνται μετά από γραπτές εξετάσεις.
Altieri, M. A. 1995.  Agroecology:  the science of sustainable agriculture.  Westview Press.  Boulder.
Altieri, M. A. 1999.  The ecological role of biodiversity in agroecosystems.  Agriculture, Ecosystems and Environment 77:19-31.
Blake, L. 1994. Organic farming and growing.  The Crowood Press, U.K.
Denckla, T.  2002.  Εφαρμοσμένες βιοκαλλιέργειες.  Εκδόσεις Ψυχάλου, Αθήνα.
Gliessman, S. R. 2000. Agroecology: ecological processes in sustainable agriculture.  CRC Lewis Publishers, Boca Raton
Bailey, A. P., W. D. Basford, N. Penlington, J. R. Park, J. D. H. Keatinge, T. Rehman, R. B. Tranter, C. M. Yates  2003.  A comparison of energy use in conventional  and integrated arable farming systems in the UK.  Agriculture, Ecosystems and Environment 97: 241-253.
Flora, C. (ed.) 2001 Integration between Agroecosystems and Rural Communities.  Advances in Agroecology Series.  CRC Press, Boca Raton.
Kristiansen, P., A. Taji, J. Reganold.  2006. Organic Agricutlure.  A global perspective.  CABI and CSIRO Publishing, Walingford, UK.
Καμπουράκης, Ε.  2005.  Σημειώσεις Βιολογική Γεωργία.  ΤΕΙ Κρήτης, , Ηράκλειο.
Lampkin N. 1990 .Organic Farming. Farming Press, U.K.
Lampkin, N. and Padel, S. 1994.  The economics of organic farming. CAB I, U.K.
Matson, P.A.  Parton, W. J., Power, A. G. and M. J. Swift, 1997.  Agricultural Intensifications and Ecosystem Properties.  Science 277: 504-509.
Μηλιάδου, Δ., Παπαναγιώτου Ε., Φωτόπουλος Χ.  2001.  Βιολογική Γεωργία. Φυτική και Ζωική Παραγωγή  Εκδόσεις Σταμούλη, Αθήνα.
National Research Council 1989. Alternative Agriculture. National Academy Press, Washigton, USA.
Pacini, C., A. Wossink, G. Giesen, C. Vazzana, R. Huirne,  2003.  Evaluation of sustainability of organic, integrated and conventional farming systems: a farm and field-scale analysis.  Agriculture, Ecosystems and Environment 95:273-288.
Pimentel, D. P. Hepperly, J. Hanson, D. Douds, R. Seidel, 2005.  Environmental, Energetic, and Economic Comparisons of Organic and Conventional Farming Systems.  BioScience 55(7):573-582. 
Reganold, J. P., J. D. Glover, P.K. Andrews, H. R. Hinnan,  2001.  Sustainability of three apple production systems.  Nature 410:926-930.
 
