Η Σχολή παρέχει ευκαιρίες μεταπτυχιακών σπουδών σε καλούς αποφοίτους της που το επιθυμούν. Σήμερα, λειτουργούν τρία (3) αυτόνομα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) και ένα (1) σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Κρήτης. Τα ΠΜΣ της Σχολής στοχεύουν στην αλληλο-συμπληρωματικότητα των επιστημονικών περιοχών αλλά και στην σημερινή ανάγκη για διεπιστημονική εκπαίδευση αυτών που ασχολούνται με την τεχνολογία. Τα αυτόνομα προγράμματα έχουν σχεδιαστεί εξ' ολοκλήρου από το Εκπαιδευτικό Προσωπικό της Σχολής με βάση το υφιστάμενο ανθρώπινο δυναμικό, τις διαθέσιμες υποδομές και την υπάρχουσα τεχνογνωσία. Τα ΠΜΣ (wiki) που προσφέρονται από τη Σχολή είναι:
- Ενεργειακά συστήματα (αυτοδύναμο, διατμηματικό). Προσφέρεται από τα Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών, Μηχανολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Φυσικών Πόρων & Περιβάλλοντος
- Πληροφορική και Πολυμέσα (αυτoδύναμο). Προσφέρεται από το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής.
- Προηγμένα Συστήματα Παραγωγής Αυτοματισμού και Ρομποτικής (αυτοδύναμο, διατμηματικό). Προσφέρεται από τα Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανολόγων Μηχανικών.
- Τεχνολογίες Προστασίας Περιβάλλοντος (διατμηματικό). Προσφέρεται από το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών σε συνεργασία με το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Επιπρόσθετα, στα πλαίσια συμπράξεων με άλλα ακαδημαϊκά ιδρύματα της χώρας και του εξωτερικού, προσφέρονται ευκαιρίες εκπόνησης μεταπτυχιακών και διδακτορικών διατρίβων που οδηγούν σε τίτλους οι οποία απονέμονται από τα άλλα ιδρύματα.
