Το ΤΕΙ Κρήτης έχει να επιδείξει μέχρι σήμερα σημαντική δραστηριότητα και εμπειρία από τη συμμετοχή είτε τμημάτων του είτε μελών του εκπαιδευτικού προσωπικού σε Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ).
Το τοπίο όσον αφορά τα Π.Μ.Σ. αλλάζει στο ΤΕΙ Κρήτης αφού σύμφωνα με το Νόμο 3685/2008, τα ΤΕΙ μπορούν πλέον να οργανώσουν αυτοδύναμα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με άλλα ΑΕΙ της χώρας ή/και ομοταγή ιδρύματα του εξωτερικού, για τη χορήγηση Μεταπτυχιακών Διπλωμάτων Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.).
Η διοίκηση του ΤΕΙ Κρήτης, προκειμένου να υποστηριχθεί η δραστηριότητα των νέων αυτοδύναμων ή άλλων μεταπτυχιακών του, προέταξε τη σύνταξη του Κανονισμού Μεταπτυχιακών Σπουδών (Κ.Μ.Σ.). Σύμφωνα με το νόμο, κάθε μεταπτυχιακό, προκειμένου να εγκριθεί, εκδίδει το δικό του Κ.Μ.Σ., ο οποίος είναι εναρμονισμένος με τον Κ.Μ.Σ. του Ιδρύματος.
Παράλληλα συστήθηκε μια (ad-hoc) Επιστημονική Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών στην οποία προεδρεύει ο Αντιπρόεδρος Ακαδημαϊκών Υποθέσεων του Ιδρύματος.
Αυτοδύναμα Μεταπτυχιακά Προγράμματα
Διοίκηση Επιχειρήσεων Φιλοξενίας και Τουρισμού (Σχολή Διοίκησης-Οικονομίας)
Χρηματοοικονομική Διοίκηση (Σχολή Διοίκησης-Οικονομίας)
Τεχνολογίες Ήχου και Μουσικής – Sound and Music Technologies (Σχολή Εφαρμοσμένων Επιστημών)
Γεωπεριβαλλοντικοί Πόροι και Κίνδυνοι - Master in Geoenvironmental Resources & Risks (Σχολή Εφαρμοσμένων Επιστημών)
Ενεργειακά Συστήματα (Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών)
Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία (Σχολή Τεχνολογίας Γεωπονίας και Τεχνολογίας Τροφίμων)
Ηλεκτρονικά Συστήματα Τηλεπικοινωνιών & Αυτοματισμών (Σχολή Εφαρμοσμένων Επιστημών)
Οργάνωση και Διοίκηση για Μηχανικούς (Σχολή Διοίκησης-Οικονομίας και Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών)
Μηχανικών Πληροφορικής - Informatics & Engineering (Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών)
Προηγμένα Συστήματα Παραγωγής, Αυτοματισμού και Ρομποτικής (Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών)
Προηγμένη Κλινική Πρακτική στις Επιστήμες Υγείας (Σχολή Επαγγελμάτων Υγείας και Πρόνοιας)
Lasers, Πλάσμα & Εφαρμογές - Lasers, Plasma & Applications (Σχολή Εφαρμοσμένων Επιστημών)
Μεταπτυχιακά Προγράμματα σε σύμπραξη με άλλα εκπαιδευτικά ιδρύματα
Τεχνολογίες Προστασίας Περιβάλλοντος (Προσφέρεται από το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε σύμπραξη με τη Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών του ΤΕΙ Κρήτης)
Δι-ιδρυματικό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών (ΔΠΜΣ) "Νανοτεχνολογία για Ενεργειακές Εφαρμογές" (Tμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Ηλεκτρονικών Μηχανικών ΤΕ του ΤΕΙ Κρήτης , τα Τμήματα Χημείας και Επιστήμης & Τεχνολογίας Υλικών του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας)
Λογιστική & Ελεγκτική (Τμήματα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του ΤΕΙ Κρήτης και Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Μακεδονίας)
